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在这场战斗当中，麟又感觉到存在着某些诡异的气息——「嫉妒」。 巴利为了寻找自己的肉体而潜入第三研究所的地底，马斯坦也与哈勃克、阿尔等人一起进入。 哈勃克与马斯坦分成两路前进，却在途中遇见打算来收拾他们的「色欲」，马斯坦在此时才得知人造人的真实身份与秘密。 此时去新国避难的罗斯带来了大量弹药，而暗中经营军械商店的是受伤退役的哈勃克。 Buy Rivotril 大总统的手下报告，这可能是调虎离山之计，因为伊修瓦尔人在中央活动。
金布利与搜索队一行人，为了搜寻斯卡与马可的行踪而往西走去。 在情报混乱的状况下，金布利猜测斯卡打算经由西方往北前进。 此时，金布利突然现身，并与曾在伊修巴尔战交手的斯卡重逢。 但爱德华因为不满他让母亲朵莉夏受苦，因此，对他也相当不客气。 夜里，霍恩海姆旁敲侧击地跟比拿可（和假睡的爱德华）说「爱德华炼成的真的是朵莉夏吗？头发、眼睛颜色能不能对上？」。 另一方面爱德华和阿尔，认识了一名饿晕在路上的新国皇子「麟」，目的是为了得到贤者之石。
没想到抵达不久就在布莱达的安排下，暗中前往传说中一夜之间被摧毁的王都‧克塞鲁克塞斯的遗迹。 爱德经过一番努力才跨越大沙漠，并在该处与福爷重逢。 爱德一行人在福爷的带领下前往遗迹的内部，没想到却在这里意外地遇见了罗斯。 第二天，爱德华发现这只合成兽会喊爱德华的名字，让兄弟二人颇为惊讶。 但当合成兽说出「大哥哥，一起玩吧」时，爱德华震惊地认出合成兽的真面目。 他差点把塔卡打死，并悔恨自己没有能力把他们变回原样。 爱德华与阿尔得知里欧尔有个会使用「奇迹之术」的教主，因此来到此地。
爱德华得知布里克兹已被中央军掌控，但暴风雪来了，只能让阿尔去通知温莉等人。 暴风雪结束后，温莉等人行进中碰到了阿尔，抱着昏迷的阿尔，来到途中的山间小屋。 梅在听到醒来后的阿尔与马可的对话后，像是得到线索似的对斯卡哥哥的书做了一些动作，最后成功找出隐藏于其中的炼成阵。 在格拉托尼的带领下，阿尔与小梅来到了父亲大人的所在处。 此时格拉托尼的肚子突然裂开，爱德、麟、恩维从中冒了出来。 两兄弟虽然对重逢感到开心，但马上却被父亲大人的长相给吓到，因为他居然跟两兄弟的父亲霍恩海姆长得极为相似。 父亲大人虽然给予两兄弟款待，但却下令人造人杀了麟。 虽然两兄弟试图反抗，却因为父亲大人的神奇力量而无法使出炼金术，与麟一起遭到了制服。
马斯坦及时来到了爱德华那边，用火焰秒杀了人偶士兵。 刚好一直追杀张梅的「嫉妒」也出现了，第一次见到恩维的马斯坦，问他是不是他亲手杀了休斯。 马斯坦把「嫉妒」烧得喘不过气，这时他才想起马斯坦就是烧死「色欲」的人，赶紧转身逃。 此时，与被封闭在土堆中的阿尔一起留在卡纳马部落附近的海因凯尔，察觉到「傲慢」在土堆内不断敲着阿尔头部的行为其实是军队的通讯密码。
但为时已晚，密码传到地底下的父亲大人的耳中，派金布利去支援。 一番战斗后，阿尔因为海因凯尔的一番话，决定使用贤者之石的力量。 他利用被封闭在石头中的众多灵魂的力量展开激烈的战斗，丝毫不输给他们两人，但还是敌不过。 马可医生早已拿着阿尔给贤者之石治好了海因凯尔，海因凯尔背后偷袭咬死了金布利。